《规划》的突出特点之一，就是注重政策创新。主要创新之处包括：
   注重过程控制的污染减排政策。“十一五”期间，工程减排对实现减排目标作出了重大贡献。“十二五”期间工程减排的潜力收窄。为实现减排目标，《规划》将减排重点从生产活动的末端向前端延伸，大力推进结构减排，提出一系列调控经济发展方式的总量控制政策。一是制定重点行业污染物排放的总量控制政策。严格把握污染物排放指标，在确保重点行业或区域生产规模稳定的同时，污染物排放量大幅度下降。二是实施煤炭消费量、机动车保有量控制政策。《规划》要求在大气联防联控重点区域开展煤炭消费总量控制试点，探索调控特大型和大型城市机动车保有总量。三是建立污染物产生量评价制度。评价单位产品的污染物产生量，并同时驱动淘汰、准入、标杆三套标准，促使污染物控制政策的倒逼机制从生产活动的末端逐步延伸到中端和前端。
   注重突出重点的污染防治政策。《规划》坚持全面推进、重点突破，力图在环境质量差、风险高、人民群众反映强烈的区域或领域取得突破性进展。一是深化淮河、海河等八大重点流域水污染防治工作，实施以控制单元为基础的精细管理，确保优先控制单元水质明显改善。二是在京津冀、长三角、珠三角等区域实施大气污染联防联控，努力解决细颗粒物（PM2.5）、臭氧、酸雨等突出大气环境问题，切实改善区域大气环境质量。三是以重点区域为核心积极推进重金属污染综合防治，在产业密集、污染严重或存在潜在风险的重点防控区内，实施包括源头减量、过程阻断、清洁生产、综合治理、生态修复在内的全过程防治。四是在农村环境保护领域，以连片整治区域为重点，加大“以奖促治”政策力度，带动农村环境综合整治。
   注重强化基础的环境管理政策。环境规划、环境功能区划和环境影响评价等环境保护的基本制度在《规划》中得到进一步发展强化。一是深化发展城市环境规划制度。《规划》提出探索编制城市环境保护总体规划，这是城市环境规划制度的重大发展。二是充分发挥环境影响评价制度综合决策、源头控制作用。《规划》将环境影响评价作为参与综合决策的重要渠道，一方面要求严格依法开展重点流域、区域开发和行业发展的规划环评，建立规划环评和项目环评的联动机制；另一方面要求加强对环境影响评价审查的监督管理，对环保重点城市的城市总体规划开展环境影响评估。三是实行以环境功能区划为基础的分类指导、分区控制政策。《规划》提出要结合全国主体功能区划，编制国家环境功能区划。在不同区域实施差别化的环境治理、污染减排、环境政绩考核评估等指导性政策。在重点生态功能区、陆地和海洋生态环境敏感区、脆弱区等区域划定“生态红线”，实施严格保护。
   注重市场调节的环境经济政策。《规划》在总结“十一五”经验的基础上，充分利用市场机制，进一步突出了建立健全环境经济政策体系的基本导向。一是出台脱硝电价政策。“十二五”期间，火电行业在落实燃煤电厂烟气脱硫电价的基础上，要“研究制定脱硝电价政策”，激励电力企业建设脱硝设施。二是推动排污权交易。要不断提高单位排污权的产出效益，健全排污权有偿取得和使用制度，发展排污权交易市场。三是实质性启动生态补偿政策。《规划》提出“探索建立国家生态补偿专项资金”，对生态保护良好区、重要生态功能区给予生态补偿。四是完善环境污染责任保险政策。当前我国环境污染事故频发，群众利益受损、政府买单局面普遍存在。为改变这一局面，《规划》提出“健全环境污染责任保险制度”，尤其是对重金属排放等高环境风险企业，要实施强制保险制度。五是推进环境税费改革。全面落实污染者付费原则，将环境污染和生态破坏的社会成本，以环境保护税、排污费等方式内化到生产成本和市场价格中去，通过市场机制实现环境资源的合理分配。
   注重公平的环境公共服务政策。建立环境基本公共服务体系，促进环境基本公共服务均等化是《规划》的重大创新。在教育、医疗等逐步纳入基本公共服务范畴十余年后，环境作为公共产品的基本属性得到认同，环境保护首次被纳入公共服务体系，成为体现社会公平正义的重要内容。《中华人民共和国国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》将环境基础设施建设、环境监管能力建设等作为基本公共服务重点，要实现“县县具备污水、垃圾无害化处理能力和环境监测评估能力”，“保障城乡饮用水水源地安全”。《规划》还提出了推进区域环境保护基本公共服务均等化的具体要求和措施，确定了环境保护基本公共服务的范围和标准。
   注重落实责任的环境行动政策。环境保护，人人有责，但要明确责任。《规划》坚持政府引导、协力推进的原则，明确企业主体责任，强化部门协调合作，加强环境信息公开，建立全民参与的环保社会行动体系。